Het Mercator Europees Kenniscentrum is gevestigd in de minderheidstalenprovincie Friesland. Als onderzoeksinstituut maakt Mercator dankbaar gebruik van de mogelijkheden die de Friese situatie biedt als een laboratorium van meertaligheid. Tegelijkertijd maakt Mercator toonaangevende onderzoeken en interessante ontwikkelingen uit andere minderheidstalenregio's toegankelijk voor beleidsmakers en belanghebbenden in Friesland. 

Mercator gebruikt het eigen netwerk en dat van anderen om onderzoekers en andere belangstellenden kennis te laten maken met de tweetalige samenleving die Fryslân is. Zo ontvangt Mercator regelmatig verschillende internationale (docenten)groepen uit het basis- en voortgezet onderwijs, maar ook afgevaardigden van taalacademies en onderzoeksinstituten in minderheidstaalgebieden. Daarnaast biedt Mercator ondersteuning aan wetenschappers bij hun onderzoek naar meertaligheid, en is Mercator initiator van of partner in de organisatie van vele internationale conferenties in de provincie Fryslân of elders in Europa. 

Mercator is ook een stagebedrijf voor (internationale) stages.

Het Europese onderzoekscentrum Mercator is stevig verankerd in Europese netwerken en onderzoeksgroepen. Mercator is bijvoorbeeld lid van de raad van bestuur van het European Civil Society Platform for Multilingualism (ECSPM), een alliantie voor de talen die in Europa gesproken worden en voor onderzoek, beleid en praktijk van meertaligheid, die samenwerking mogelijk maakt tussen Europese, nationale en internationale netwerken, organisaties, federaties en onderzoekseenheden (universitaire centra en instituten).

Het Europese onderzoekscentrum Mercator is ook al lang geassocieerd lid van het Network to Promote Linguistic Diversity (NPLD). De vertegenwoordiger van Mercator is lid van de stuurgroep van de NPLD. NPLD is een Europees netwerk dat zich bezighoudt met taalbeleid en -planning voor constitutionele, regionale en kleine staatstalen in heel Europa. Leden van de NPLD zijn zowel nationale als regionale overheden, universiteiten en verenigingen. In 2023 werd Mercator lid van Uninet, het universitair netwerk van NPLD, een netwerk van universiteiten en onderzoeksinstellingen die actief zijn op het gebied van nationale minderheden, meertaligheid, minderheidstalen, taalrechten, taalbeleid en taalonderwijs.  

Het Mercator European Research Centre is in 2020 toegetreden tot het LITHME Network (Language In The Human Machine Era). De focus van LITHME ligt op de ethische implicaties van opkomende taaltechnologieën. LITHME heeft leden uit alle lidstaten van de Europese Unie, plus een aantal landen buiten de EU. Het is een zogenaamd COST-netwerk (European Cooperation in Science and Technology), gefinancierd door het EU-kaderprogramma Horizon 2020.

Sinds 2014 is Mercator lid van het LANGSCAPE netwerk. LANGSCAPE is een internationaal onderzoeksnetwerk dat zich bezighoudt met meertaligheid, taalonderwijs en het leren van talen, gecoördineerd door de Humboldt-Universität zu Berlin. Een van de succesvolle projecten van dit onderzoeksnetwerk is het Erasmus+ project ENROPE, dat Mercator uitvoerde in samenwerking met acht universiteiten uit zes Europese landen en dat als uitstekend werd beoordeeld.

Het langstlopende samenwerkingsverband van het Europese onderzoekscentrum Mercator is het Mercator Network. Dit netwerk werd opgericht in 1987 en bestond toen uit drie instellingen: Mercator Onderwijs (de voorloper van het Europees onderzoekscentrum Mercator), Mercator Wetgeving (CIEMEN/Universiteit van Barcelona, Spanje) en Mercator Media (Universiteit van Aberystwyth, Verenigd Koninkrijk). Sindsdien heeft het netwerk in verschillende vormen bestaan en is het geleidelijk uitgebreid met het onderzoeksinstituut voor taalkunde - Eötvös Loránd Research Network (Boedapest, Hongarije) en het instituut voor Slavische en Baltische talen, Fins, Nederlands en Duits (Universiteit van Stockholm, Zweden). Samen stellen de partners elke maand de Mercator Network Newsletter samen, met nieuws over de activiteiten van de onderzoeksinstituten van het Mercator Network en het laatste nieuws over onderwijs en beleidsveranderingen met betrekking tot minderheidstalen in Europa. Gemiddeld heeft de nieuwsbrief meer dan 2.000 abonnees.